La presenza di numerose specie di farfalle, soprattutto quelle diurne degli ambienti prativi dei vegri, è una delle particolarità più caratteristiche e colorate della fauna euganea. Tra gli insetti, da ricordare anche numerose specie di coleotteri, mentre tra gli altri invertebrati, alcuni dei quali endemici e importanti dal punto di vista scientifico, si ricordano il piccolo crostaceo terrestre Glomeris euganeorum e il gambero di fiume, grosso crostaceo che può raggiungere i 20 cm di lunghezza, un tempo attivamente ricercato dai valligiani come squisitezza culinaria ed ora localizzato solo nei corsi d'acqua più puliti dei Colli. Purtroppo, quest'ultima specie appartenente alla fauna locale tradizionale, è seriamente minacciata dalla presenza del gambero di fiume americano che, come molte altre specie non autoctone, tende a divenire infestante.
I lavori di ricerca sopra riportati rientrano nell'Azione proposta da Butterfly Arc per il rinnovo della Carta Europea del Turismo Sostenibile del Parco 2022-2026.
